煤炭、農副產品的應急運輸組織程序分為一般程序和特別程序：一般程序主要適用于依靠市場調節的運輸。市運輸管理局根據預警信息向運輸需求單位提供運力儲備單位，由雙方協商簽訂運輸合同。特別程序主要適用于政府下達的指令性應急運輸任務，市運輸管理局將依據有關法規調動運輸企業執行任務，同時還將出臺適用于政府下達的指令性應急運輸特別程序。據悉，應急運輸特別程序將經市政府批準實行運價限制和必要的財政補貼。