電煤價格的市場化還受到電煤運輸的限制。目前，鐵路煤炭運輸綜合能力仍然不足， 2007年跨省區的煤炭鐵路運輸總量調控目標為7.38億噸，其中電煤5.31億噸，鐵路運輸制約著資源煤炭物流，煤炭運輸資源的行政分配影響著煤炭市場的資源優化配置。雖然發改委明確表示將改進運力配置方式，簡化運力配置方案，不再具體分解到煤礦和用戶。然而，價格放開后，如果電煤的運輸方式和價格還是國家制定，政府就可以利用鐵路運輸瓶頸影響電煤價格，這種影響更可能向電力傾斜。